Mit Beginn des neuen Jahrhunderts befuhren prachtvolle Schiffe mit klangvollen Namen die Ostsee: Odin, Hertha, Rügen, Frigga ... Doch die Schüsse von Sarajevo im Sommer 1914 beendeten jäh den Ausflugsverkehr auf der Ostsee, und die Braeunlich-Flotte wurde zur Kaiserlichen Marine eingezogen. Nach dem Krieg begann mit den Schiffen "Hertha" und "Odin" ein zögerlicher Neuanfang. Die zunehmende Isolation Ostpreußens machte eine Seeverbindung notwendig, und Braeunlich engagierte sich im "Seedienst Ostpreußen". Nach den "Goldenen Zwanzigern" folgte die Weltwirtschaftskrise, und auch mit dem Seebäderverkehr ging es auf und ab. Es sollte noch schlimmer kommen als im Sommer 1914. Im September 1939 mussten fast alle Schiffe zur Kriegsmarine. Es blieben die "Swinemünde" und die "Berlin". 1945 hatte man fast alle Schiffe, den Firmensitz und durch die neue Ordnung Europas auch das Fahrtgebiet verloren. Nach dem Krieg gab es 1952 noch einmal ein neues Schiff, das Frachtmotorschiff "Melilla" der jetzigen "Reederei J.F. Braeunlich K.G.", ab 1956 mit Sitz in Hamburg. Im Februar 1995 wird die Handelsregistereintragung  der Firma beim Amtsgericht Hamburg gelöscht.